Абстрактный
Белково-белковые взаимодействия (ББВ) лежат в основе всех ключевых биологических процессов. Однако сложность структурных особенностей, определяющих ИЦП, усложняет их разработку. Мы представляем BindCraft, автоматизированный конвейер с открытым исходным кодом для разработки белковых связующих de novo с экспериментальными показателями успеха 10–100%. BindCraft использует обученные веса глубокого обучения AlphaFold2 для создания наномолярных связующих без необходимости высокопроизводительного скрининга или экспериментальной оптимизации, даже при отсутствии известных сайтов связывания. Мы успешно разработали связывающие вещества против широкого спектра сложных мишеней, включая рецепторы клеточной поверхности, распространенные аллергены, белки, созданные de novo, и многодоменные нуклеазы, такие как CRISPR-Cas9. Мы демонстрируем их функциональный и терапевтический потенциал, демонстрируя, что разработанные связующие вещества могут снизить связывание IgE с аллергеном березы в образцах, полученных от пациентов. Эта работа представляет собой значительный прогресс в направлении подхода «один дизайн — одно связующее» в вычислительном проектировании с огромным потенциалом в терапии, диагностике и биотехнологии.
Заявление о конкурирующих интересах
KHG, LV, BJY и AMW являются сотрудниками Visterra Inc., США. Остальные авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.
